Le fonctionnement à sec est l'une des principales caractéristiques qui différencient les pompes à membrane pneumatiques des autres types de pompes. Dans la majorité des cas cela n'endommagera pas la pompe, ni ses éléments. C'est pourquoi, les pompes AODD sont souvent utilisées dans des applications où le fluide peut s'épuiser inopinément (assèchement de puisards, transferts de réservoirs et citernes, etc.).

Cependant, nous devons être conscients des quelques effets secondaires résultant du fonctionnement à sec de la pompe et des coûts et risques qui y sont associés.

Lorsqu'elle fonctionne à sec, la pompe à membrane ne surchauffe pas - il n'y a pas de surfaces qui frottent les unes contre les autres, provoquant une génération de chaleur excessive. De plus, la cavitation d'aspiration de la pompe AODD n'est pas aussi destructrice que dans le cas des pompes rotatives. Cependant, il n'est pas recommandé de fonctionner à sec constamment ou pendant de longues périodes.

Le fonctionnement à sec est improductif et coûteux. La pompe à membrane qui fonctionne à sec accélère. Une pompe fonctionnant à sec peut fonctionner deux à trois fois plus vite qu'elle ne dose lorsqu'elle est sous charge. Cela entraînera une plus grande consommation d'air (coût de l'électricité) et une consommation improductive des cycles de diaphragmes. En raison de l'augmentation de la vitesse de la pompe pendant le fonctionnement à sec, les membranes effectueront de nombreuses courses "vides" diminuant leur propre élasticité (capacité à reprendre sa forme d'origine après avoir été étirée), ce qui réduira la durée de vie.